Cây đa Mười Ba Gốc cao khoảng 10 mét, có hàng chục cành lớn tạo tán rộng với đường kính của tán khoảng 40 m[4]. Cây có 13 gốc lớn, thẳng, gồm một gốc chính (gốc thật) và 12 gốc phụ (thực chất là rễ phụ lớn). Gốc chính lớn nhất, chu vi 8,2 m (khoảng 4 – 5 người ôm xuể). Mười hai gốc còn lại quanh gốc chính, khoảng 2 – 3 người ôm. Tổng chu vi của 13 gốc khoảng 30 m. Các gốc được nối với nhau bằng các cành có đường kính gần 1 m, các cành đan xen nhau[1]. 

Mặc dù đã trên 300 năm tuổi, nhưng cây đa vẫn chưa hề bị sâu, bệnh hay bị tàn phá.[2]